L’origine del nome è incerto. È interessante ricordare quello mitologico: la leggenda dell’amore tra la ninfa Agilla, abitante del lago, e il principe Trasimeno figlio del re etrusco Tirreno. Vuole il racconto che entrambi giacciano sul fondo del lago ed abbiano per cuscino (pulvinar) la più bella delle isole del Lago. Esistono altre ipotesi etimologiche come la provenienza dal latino pulvis (polvere) con riferimento alla bruma che spesso circonda il Lago, o da pauvese uno scudo medievale usato dalle milizie di cui ricorda un po’ la forma, oppure più semplicemente da polvento antica locuzione avverbiale che indica un luogo protetto dal vento.

Un primo documento che attesta la presenza della struttura nell’Isola Polvese risale al 1014 in un privilegio concesso all’Abbazia di Farneta in Val di Chiana dall’Imperatore Enrico II, nel 1163 un diploma ne conferma la dipendenza dall’Imperatore Federico Barbarossa.
Nel 1184 Ugo, abate del Monastero benedettino di San Gennaro di Campoleone in provincia di Arezzo, cedendo alla città di Perugia Castiglione del Lago con tutti i suoi possessi, compresa l’Isola Polvese, obbliga gli abitanti di Castiglione a fornire il Monastero di una Chiesa, di un orto e di una vigna.
Nel 1238 la Chiesa di San Secondo, in una bolla di Gregorio IX, viene ricordata come Pieve appartenente agli olivetani.
La giurisdizione del possesso del Monastero fu più volte contesa tra l’Abbazia di Farneta e i rettori nominati dal Vescovo di Perugia, disputa che si risolse solo nel 1399 allorchè Bonifacio IX riconobbe i diritti al rettore Angelo di Lorenzo.
Dapprima benedettina, come ricordato, passò sotto la sfera dei Monaci Olivetani quando questi fondarono un Monastero a Monte Morcino di Perugia ed ebbero la guida del Collegio della Sapienza Vecchia; probabilmente i Monaci Olivetani entrarono a San Secondo nel 1404.

Dal 1482 San Secondo assunse il titolo di Monastero, acquisendo così un’autonomia gestionale e prerogative di carattere economico che ne accrebbero ben presto i possedimenti e la ricchezza. Nel seicento il Monastero possedeva quasi la metà dell’isola e ciò provocò un certo decremento della popolazione isolana costretta a migrare in altre località. Questa situazione non dura a lungo, il progressivo impaludamento del lago Trasimeno e la diffusione della malaria costrinsero Papa Gregorio XV a trasferire la comunità di San Secondo nel Monastero perugino di Sant’Antonio, tranne uno che rimase per la cura delle anime.

Gli abitanti del lago Trasimeno e delle sue isole vivono le fasi più cruente della guerra di Castro. Le cause che davano origine a questa guerra vanno ricercate nell’astio tra le famiglie Farnese e Barberini. La guerra interessò la Romagna, la Toscana, l’Umbria e il Lazio. Questa situazione portò gravi danni all’economia dell’Isola, in quanto la distruzione delle truppe fiorentine fu violenta anche contro le attrezzature e barche della pesca, unica fonte di reddito e di sostentamento, mentre Perugia era alleata dei Barberini. Si verificò un forte calo demografico, l’Isola Polvese aveva perduto il ruolo di luogo sicuro conservato per tanti secoli e, per ragioni anche di grande precarietà economica, si assisteva ad un crescente abbandono da parte dei suoi abitanti. La vita sulla Polvese stentava a riprendersi, prima della guerra contava oltre 300 abitanti, e il censimento pontificio del 1656 rivela l’abbandono dell’Isola che ormai contava appena 15 famiglie (circa 89 persone). Successivamente l’Isola è diventata proprietà privata: nel 1772 dai Conti Baldeschi, nel 1841 dal Conte Panciani di Spoleto, nel 1888 dal Commendatore Ferdinando Cesaroni; nel 1901 abitava l’Isola un solo elettore amministrativo. Nel 1772, i conti Baldeschi ottengono la licenza esclusiva di caccia sull’Isola, cosicché per gli isolani rimasti 80 persone circa viene meno un‘altra fonte di reddito derivante dalla cattura della selvaggina.  Nel 1823, Papa Gregorio XVI soppresse gli ordini religiosi  mettendone in vendita i beni. Nel 1833 tutti i terreni e gli immobili vennero acquistati dal Conte Pianciani di Spoleto che divenne l’unico proprietario, rimise l’Isola in coltivazione affittandola a coloni e vi fece costruire la fagianaia.